MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Candidatus Rickettsia amblyommii str. GAT-30V plasmid pMCE_1

Total Repeats: 408

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017020	AT	3	6	983	988	50 %	50 %	0 %	0 %	383327250
2	NC_017020	AAGC	2	8	1048	1055	50 %	0 %	25 %	25 %	383327250
3	NC_017020	ATA	2	6	1102	1107	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327250
4	NC_017020	AAG	2	6	1120	1125	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327250
5	NC_017020	ATCTC	2	10	1193	1202	20 %	40 %	0 %	40 %	383327250
6	NC_017020	A	7	7	1228	1234	100 %	0 %	0 %	0 %	383327250
7	NC_017020	TAC	2	6	1268	1273	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327250
8	NC_017020	GT	3	6	1300	1305	0 %	50 %	50 %	0 %	383327250
9	NC_017020	A	6	6	1420	1425	100 %	0 %	0 %	0 %	383327250
10	NC_017020	AAAGC	2	10	1459	1468	60 %	0 %	20 %	20 %	383327250
11	NC_017020	ACT	2	6	1500	1505	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327250
12	NC_017020	CT	3	6	1504	1509	0 %	50 %	0 %	50 %	383327250
13	NC_017020	CTT	2	6	1531	1536	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327250
14	NC_017020	TAC	2	6	2920	2925	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327251
15	NC_017020	TCT	2	6	2940	2945	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327251
16	NC_017020	TTG	2	6	2956	2961	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383327251
17	NC_017020	ATG	2	6	3019	3024	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327251
18	NC_017020	CCT	2	6	3073	3078	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383327251
19	NC_017020	ATTT	2	8	3082	3089	25 %	75 %	0 %	0 %	383327251
20	NC_017020	ACT	2	6	3173	3178	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327251
21	NC_017020	TATAA	2	10	3185	3194	60 %	40 %	0 %	0 %	383327251
22	NC_017020	ACTAT	2	10	3204	3213	40 %	40 %	0 %	20 %	383327251
23	NC_017020	TCA	2	6	3585	3590	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327252
24	NC_017020	TTC	2	6	3611	3616	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327252
25	NC_017020	TAC	2	6	3631	3636	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327252
26	NC_017020	T	6	6	3768	3773	0 %	100 %	0 %	0 %	383327252
27	NC_017020	TAA	2	6	3824	3829	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327252
28	NC_017020	TTC	2	6	3830	3835	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327252
29	NC_017020	TCT	2	6	3852	3857	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327252
30	NC_017020	TTA	2	6	3900	3905	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327252
31	NC_017020	CTT	2	6	3910	3915	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327252
32	NC_017020	GCT	2	6	3978	3983	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327252
33	NC_017020	TTTA	2	8	3989	3996	25 %	75 %	0 %	0 %	383327252
34	NC_017020	TTTG	2	8	4030	4037	0 %	75 %	25 %	0 %	383327252
35	NC_017020	TCT	2	6	4044	4049	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327252
36	NC_017020	T	6	6	4066	4071	0 %	100 %	0 %	0 %	383327252
37	NC_017020	CAT	2	6	4099	4104	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327252
38	NC_017020	T	8	8	4117	4124	0 %	100 %	0 %	0 %	383327252
39	NC_017020	A	6	6	4145	4150	100 %	0 %	0 %	0 %	383327252
40	NC_017020	TCT	2	6	4155	4160	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327252
41	NC_017020	TGG	2	6	4186	4191	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383327252
42	NC_017020	ACT	2	6	4283	4288	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327252
43	NC_017020	ATA	2	6	4318	4323	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327252
44	NC_017020	ATC	2	6	4331	4336	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327252
45	NC_017020	TCC	2	6	4353	4358	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383327252
46	NC_017020	TAT	2	6	4360	4365	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327252
47	NC_017020	CCT	3	9	4444	4452	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383327252
48	NC_017020	TTA	2	6	4479	4484	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327252
49	NC_017020	TGT	2	6	4514	4519	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383327252
50	NC_017020	ATC	2	6	4559	4564	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327252
51	NC_017020	GCTA	2	8	4598	4605	25 %	25 %	25 %	25 %	383327252
52	NC_017020	TAT	2	6	4619	4624	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327252
53	NC_017020	GTA	2	6	4635	4640	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327252
54	NC_017020	ATG	2	6	4664	4669	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327252
55	NC_017020	CAT	2	6	4729	4734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327252
56	NC_017020	TGC	2	6	4760	4765	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327252
57	NC_017020	AGTA	2	8	4835	4842	50 %	25 %	25 %	0 %	383327252
58	NC_017020	TAA	2	6	4876	4881	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327252
59	NC_017020	ACC	2	6	4935	4940	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383327252
60	NC_017020	GATAAT	2	12	4971	4982	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383327252
61	NC_017020	TTGA	2	8	4995	5002	25 %	50 %	25 %	0 %	383327252
62	NC_017020	TAT	2	6	5029	5034	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327252
63	NC_017020	CTA	2	6	5047	5052	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327252
64	NC_017020	TCT	2	6	5430	5435	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327253
65	NC_017020	TAA	2	6	5438	5443	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327253
66	NC_017020	TAT	3	9	5466	5474	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327253
67	NC_017020	TGC	2	6	5728	5733	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327253
68	NC_017020	ACT	2	6	5951	5956	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327254
69	NC_017020	CTG	2	6	5989	5994	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327254
70	NC_017020	AT	4	8	6032	6039	50 %	50 %	0 %	0 %	383327254
71	NC_017020	T	6	6	6060	6065	0 %	100 %	0 %	0 %	383327254
72	NC_017020	TGC	2	6	6086	6091	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327254
73	NC_017020	TGC	2	6	6116	6121	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327254
74	NC_017020	CAA	2	6	6244	6249	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327255
75	NC_017020	TCA	2	6	6278	6283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327255
76	NC_017020	T	6	6	6284	6289	0 %	100 %	0 %	0 %	383327255
77	NC_017020	ATC	2	6	6313	6318	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327255
78	NC_017020	CT	3	6	6330	6335	0 %	50 %	0 %	50 %	383327255
79	NC_017020	TCTT	2	8	6371	6378	0 %	75 %	0 %	25 %	383327255
80	NC_017020	TGT	2	6	6489	6494	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383327255
81	NC_017020	CTT	2	6	6565	6570	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327255
82	NC_017020	TCA	2	6	6605	6610	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327255
83	NC_017020	AC	3	6	6638	6643	50 %	0 %	0 %	50 %	383327255
84	NC_017020	AT	3	6	6715	6720	50 %	50 %	0 %	0 %	383327255
85	NC_017020	A	6	6	6785	6790	100 %	0 %	0 %	0 %	383327255
86	NC_017020	AATG	2	8	6809	6816	50 %	25 %	25 %	0 %	383327255
87	NC_017020	ATC	2	6	6844	6849	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327255
88	NC_017020	TA	3	6	6862	6867	50 %	50 %	0 %	0 %	383327255
89	NC_017020	CTTTG	2	10	6870	6879	0 %	60 %	20 %	20 %	383327255
90	NC_017020	TGC	2	6	6923	6928	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327255
91	NC_017020	TCT	2	6	7213	7218	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327256
92	NC_017020	TAA	2	6	7405	7410	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327257
93	NC_017020	TCA	2	6	7518	7523	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327257
94	NC_017020	ATT	2	6	7566	7571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327258
95	NC_017020	TTA	2	6	7591	7596	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327258
96	NC_017020	CTA	2	6	7616	7621	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327258
97	NC_017020	AT	3	6	7649	7654	50 %	50 %	0 %	0 %	383327258
98	NC_017020	TATC	2	8	7706	7713	25 %	50 %	0 %	25 %	383327258
99	NC_017020	CTT	2	6	7724	7729	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327258
100	NC_017020	TTC	2	6	7734	7739	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327258
101	NC_017020	TA	3	6	7748	7753	50 %	50 %	0 %	0 %	383327258
102	NC_017020	ATA	3	9	7767	7775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327258
103	NC_017020	TCA	2	6	7783	7788	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327258
104	NC_017020	ATC	2	6	7855	7860	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327258
105	NC_017020	ATA	2	6	7866	7871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327259
106	NC_017020	TCT	2	6	7909	7914	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327259
107	NC_017020	TTG	2	6	8008	8013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383327259
108	NC_017020	ATT	2	6	8041	8046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327259
109	NC_017020	A	6	6	8545	8550	100 %	0 %	0 %	0 %	383327260
110	NC_017020	GTTT	2	8	8631	8638	0 %	75 %	25 %	0 %	383327260
111	NC_017020	CAG	2	6	8697	8702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327260
112	NC_017020	TAC	2	6	8731	8736	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327260
113	NC_017020	CTA	2	6	8738	8743	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327260
114	NC_017020	AT	3	6	8769	8774	50 %	50 %	0 %	0 %	383327260
115	NC_017020	AGA	2	6	9030	9035	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327261
116	NC_017020	TTAA	2	8	9038	9045	50 %	50 %	0 %	0 %	383327261
117	NC_017020	A	6	6	9075	9080	100 %	0 %	0 %	0 %	383327261
118	NC_017020	ATT	2	6	9110	9115	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327261
119	NC_017020	ATT	2	6	9149	9154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327261
120	NC_017020	TTTC	2	8	9166	9173	0 %	75 %	0 %	25 %	383327261
121	NC_017020	TGA	2	6	9184	9189	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327261
122	NC_017020	CAA	3	9	9230	9238	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327261
123	NC_017020	A	7	7	9267	9273	100 %	0 %	0 %	0 %	383327261
124	NC_017020	TTA	2	6	9285	9290	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327261
125	NC_017020	A	6	6	9309	9314	100 %	0 %	0 %	0 %	383327261
126	NC_017020	A	6	6	9335	9340	100 %	0 %	0 %	0 %	383327261
127	NC_017020	GTA	2	6	9384	9389	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327261
128	NC_017020	AT	3	6	9396	9401	50 %	50 %	0 %	0 %	383327261
129	NC_017020	AGT	2	6	9404	9409	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327261
130	NC_017020	ATT	2	6	9432	9437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327261
131	NC_017020	TAAT	2	8	9481	9488	50 %	50 %	0 %	0 %	383327261
132	NC_017020	TA	3	6	9540	9545	50 %	50 %	0 %	0 %	383327262
133	NC_017020	T	6	6	9554	9559	0 %	100 %	0 %	0 %	383327262
134	NC_017020	AT	3	6	9564	9569	50 %	50 %	0 %	0 %	383327262
135	NC_017020	ATT	2	6	9632	9637	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327262
136	NC_017020	TTC	2	6	9673	9678	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327262
137	NC_017020	TA	3	6	9682	9687	50 %	50 %	0 %	0 %	383327262
138	NC_017020	T	8	8	9692	9699	0 %	100 %	0 %	0 %	383327262
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141	NC_017020	AT	3	6	9795	9800	50 %	50 %	0 %	0 %	383327262
142	NC_017020	ATT	2	6	9841	9846	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327263
143	NC_017020	AT	3	6	9847	9852	50 %	50 %	0 %	0 %	383327263
144	NC_017020	CTTT	2	8	9987	9994	0 %	75 %	0 %	25 %	383327263
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159	NC_017020	T	6	6	10360	10365	0 %	100 %	0 %	0 %	383327263
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253	NC_017020	ATA	2	6	15968	15973	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327270
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255	NC_017020	ATA	2	6	16058	16063	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327271
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259	NC_017020	TAC	2	6	16128	16133	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327271
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262	NC_017020	TAA	2	6	16227	16232	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327271
263	NC_017020	T	7	7	16244	16250	0 %	100 %	0 %	0 %	383327271
264	NC_017020	TTG	3	9	16279	16287	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383327271
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267	NC_017020	TAA	2	6	16362	16367	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327271
268	NC_017020	TAA	2	6	16401	16406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327271
269	NC_017020	T	6	6	16437	16442	0 %	100 %	0 %	0 %	383327271
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274	NC_017020	TACG	2	8	16951	16958	25 %	25 %	25 %	25 %	383327272
275	NC_017020	AG	3	6	17019	17024	50 %	0 %	50 %	0 %	383327272
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297	NC_017020	TAGC	2	8	21363	21370	25 %	25 %	25 %	25 %	383327276
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392	NC_017020	ATT	2	6	29703	29708	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327280
393	NC_017020	ATT	2	6	29735	29740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327280
394	NC_017020	CT	3	6	29742	29747	0 %	50 %	0 %	50 %	383327280
395	NC_017020	CTT	2	6	29960	29965	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327281
396	NC_017020	TTA	2	6	30033	30038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327281
397	NC_017020	TAA	2	6	30047	30052	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327281
398	NC_017020	TA	3	6	30158	30163	50 %	50 %	0 %	0 %	383327282
399	NC_017020	CTG	2	6	30192	30197	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327282
400	NC_017020	TTTG	2	8	30225	30232	0 %	75 %	25 %	0 %	383327282
401	NC_017020	TTA	2	6	30236	30241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327282
402	NC_017020	A	6	6	30269	30274	100 %	0 %	0 %	0 %	383327282
403	NC_017020	TTAT	2	8	30285	30292	25 %	75 %	0 %	0 %	383327282
404	NC_017020	TAAT	2	8	30349	30356	50 %	50 %	0 %	0 %	383327282
405	NC_017020	TTA	2	6	30365	30370	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327283
406	NC_017020	ACT	2	6	30402	30407	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327283
407	NC_017020	CATA	2	8	30566	30573	50 %	25 %	0 %	25 %	383327283
408	NC_017020	CCT	2	6	30590	30595	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383327283

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.